Tháng 12 năm 1939, lúc đầu Chiến tranh thế giới thứ hai, ông bị động viên làm hạ sĩ quan phục vụ trong ngành quân vận đường sắt. Theo tài liệu chính thức từ hồ sơ quân bạ lưu trữ ở Bộ Quốc phòng Pháp[2] thì trong thời gian này, ông đã che giấu nhiều người Do Thái bị Đức quốc xã lùng bắt, trong đó có nhiều trẻ em mà cha mẹ đã bị Đức bắt[5], và giúp họ trốn sang Thụy Sĩ (một nước trung lập). Ông cũng giúp những người Pháp tránh khỏi bị bắt vào Cục lao động cưỡng bách (Service du travail obligatoire) một cơ quan của Đức nhằm bắt những người Pháp sang Đức lao động để phục vụ chiến tranh.

Cùng năm, ông đã giúp đưa vợ chồng Jacques de Gaulle, em của tướng Charles de Gaulle trốn sang Thụy Sĩ[6]. Ông tham gia việc thiết lập phong trào kháng chiến bưng biền với bí danh "Cha Pierre" và là một trong những người lãnh đạo tại vùng núi Vercors và Chartreuse. Chính trong thời gian này, ông đã gặp Lucie Coutaz dưới một tên giả, và chị đã trở thành thư ký riêng của ông và người đồng sáng lập Phong trào Emmaüs, cho tới khi chị qua đời năm 1983.

Năm 1944, ông bị quân đội Đức bắt tại Cambo-les-Bains vùng Pyrénées-Atlantiques, nhưng ít ngày sau được thả ra và ông đã trốn sang Tây Ban Nha, qua Gibraltar sang Alger (nước Algérie) theo tướng de Gaulle[7]. Ông làm linh mục tuyên úy cho Hải quân Pháp trên tàu "Jean Bart" ở Casablanca (Maroc) và trở thành nhân vật quan trọng của phe kháng chiến.

Các hoạt động kháng chiến của ông, đến sau khi giải phóng đã được tưởng thưởng huân chương Thập tự chiến tranh 1939-1945 (Croix de guerre 1939-1945) với cành cọ đồng.